Раскопом III па цитадели установлены основные периоды ее существования на протяжении с VI-VII до начала XIII в. Первоначальная планировка открыта лишь частично. Центром комплекса дворцового тина был зал площадью 150 кв. м, вокруг которого группировались жилые и хозяйственные помещения. С трех сторон (северо-восточной, северо-западной и юго-западной) комплекс был окружен обходной галереей. По углам оборонительной стены располагались круглые башни. В одном из раскопанных помещений этого периода площадью 30 кв. м вдоль стен находилась суфа высотой 0,6 м и шириной 0,9 м, в центре – круглая тумба для светильника, в углу – лестница, ведущая в обходную галерею. Стены постройки были возведены из пахсовых блоков размерами 95-110*95-100*75 см. Дворец погиб в результате пожара: внутренние плоскости стен и полы всех помещений обожжены на глубину до 4 см, считая слой обмазки. На полу зала (вскрыт частично) найдены куски обугленного дерева – остатки перекрытия. Деревянные детали были покрыты художественной резьбой. Материал этого периода представлен красноглиняной керамикой (кружками, широкогорлыми кувшинами) с темно-вишневым и черным ангобом и орнаментом в виде заштрихованных треугольников, скобчатых вдавлений, «елочки», сердоликовой печатью с изображением фантастического существа и терракотовыми статуэтками Анахиты. Первоначальный строительный горизонт датируется VI-X вв. Строительный горизонт конца X- первой половины XI в., сформировавшийся после пожара, характеризуется превращением цитадели в массив рядовой жилой застройки. Двухкомнатные дома с Г-образными суфами и треугольными очагами продолжают традиции домостроительства периода раннего средневековья.

Раскоп IV площадью 3200 кв. м был заложен в юго-восточной части городища с целью выявления характера городской застройки верхнего слоя памятника. В раскоп полностью попали три городских квартала, насчитывающих 8, 10 и 6 домовладений. Кварталы замкнуты, дома группируются вокруг внутриквартальных улочек. Жилища различаются по характеру планировки. Выделены три их типа: с осевой планировкой, линейной и крестообразной. В жилых помещениях были суфы с устроенными на них земляными очагами округлой или прямоугольной формы. В домах выделяются кладовые, айваны. Поливная керамика, монеты из мусорных и ретирадных ям, врезанных в полы помещении, позволяют датировать раскопанный горизонт застройки XI в.

Раскопом V открыты остатки городской соборной мечети, располагавшейся почти в центре городища. Это прямоугольная в плане постройка площадью около 730 кв. м, ориентированная с юго-запада на северо-восток. Основания ее стен были сложены из жженого кирпича, который почти полностью выбран после разрушения мечети. Сохранились отдельные участки стен толщиной до 2 м. Перекрытие мечети опиралось на 50 столбов с прямоугольными базами из жженого кирпича. Сохранились остатки 23 кирпичных колонн, остальные разобраны. Соборная мечеть на Куйруктобе – первая из построек такого рода, раскопанная на территории Южного Казахстана. Она датируется Х-ХІІ вв.